Sedan 1980 har fågelstationen bedrivit standardiserad fångst av rastande småfåglar i fyrträdgården. Det innebär att de ca 25 000 fåglar som årligen ringmärks inte bara genom återfynd kastar ytterligare ljus över fågelflyttningens mysterier, utan att de även kan användas i miljöövervakningens tjänst. Fåglarna reagerar snabbt på miljöförändringar, vare sig det handlar om miljögifter eller klimatvariationer. Svängningarna i de årliga fångstsiffrorna ger oss indikationer på hur miljön förändras på gott och ont. Ringmärkningen har alltså blivit ett viktigt redskap för miljöövervakningen.

Falsterbo Fågelstation samarbetar med forskare på Zooekologiska avdelningen vid Lunds universitet. För närvarande pågår bl.a. radarstudier av sträcket och orienteringsförsök.

Fågelstationen deltar även i praktiskt fågelskyddsarbete. Åtgärder för att säkra skärfläckans häckning i Flommenreservatet är ett exempel.